La matière organique morte est normalement décomposée par des organismes décomposeurs. Le charbon provient de l'accumulation de végétaux dont la matière organique n'a pas eu le temps d'être décomposée. Cette accumulation peut se faire en bord de mer ou dans une zone marécageuse.
Scénario de formation d'une veine de charbon
a : Installation d'une forêt tropicale en bord de bassin. Le climat tropical favorise une forte productivité primaire.
b : La subsidence, qui correspond à l'affaissement de la surface terrestre, provoque l'enfouissement de la matière organique et son recouvrement par des sédiments, ce qui empêche sa décomposition.
c : Une baisse du niveau marin favorise la réinstallation d'une forêt en bord de bassin.
Les sédiments et les débris végétaux se transforment en roches sous l'effet de la pression et de la température qui augmentent avec la profondeur. Cela dure plusieurs millions d'années. Lors de cette transformation, la matière organique se compacte, perd ses éléments volatils (comme l'eau et le méthane CH) et s'enrichit donc en carbone. Cette transformation de la biomasse aboutit à la formation de veines de charbon, séparées par des roches de type schistes fossilifères.
Il est estimé qu'un mètre de houille provient de l'accumulation, la compaction et la transformation d'une quinzaine de mètres de débris végétaux.
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